基础医学系是主要负责学校基础医学、药学、检验等相关专业教学的部门。系部下设人体解剖学、生理、生化、药理、病免五个教研室，主要承担全校《人体解剖与组织胚胎学》、《人体解剖生理学》、《解剖学基础》、《人体形态与结构》、《遗传与优生》、《生物化学》、《生理学》、《护用药理学》、《药理学》、《药剂学》、《药物化学》、《药物分析》、《药事管理与法规》、《临床药物治疗学》、《药学综合知识与技能》、《病理学与病理生理学》、《病理学》、《病理学与病理检验技术》、《疾病学基础》、《病原生物与免疫学》、《微生物学基础》、《免疫学检验》、《临床检验基础》等近30门课程的理论教学和实验教学工作。

系部现有教职工31人，其中专职教师30人、专职辅导员1人。教师队伍职称结构合理，现有教授1人，副教授7人，讲师14人，助理讲师9人，均具备双师资格。

在校领导的支持帮助下，在基础医学系全体教职工的共同努力下，系部建设了免费开放的人体生命科学馆，馆名是全国著名解剖学专家、中国工程院钟世镇院士题写，馆内收集有各类正常人体标本、病理标本及特殊标本约600余件，尤以利用最先进的生物保存技术制作的人体塑化解剖标本。展馆配有中央空调和多媒体触屏电脑，参观者在参观的同时，也可了解一些有关人体形态与结构的相关知识。本馆除为在校5000余名学生提供人体解剖学的课堂学习外，还多次组织活动，接待普通市民参观。多次被郑州市科学技术学会授予“郑州市科普教育基地”称号。2021年6月再次被河南省文明办和河南省科学技术协会认定为“河南省科普教育基地”。

本系的药学专业和检验专业于2020年开始招生，目前在校生600余人，招生规模也在逐年扩大。 

本系部教师在完成本职工作之余，还积极参与教学改革研究，并承担各级课题研究，其中河南省教育厅教改课题6项，河南省卫生健康委员会医学教育课题5项。参编十三五规划教材多部，共发表论文50余篇，获得专利5项，多人获得省市级优秀教师、师德标兵、优秀共产党员等荣誉称号。